学園祭当日。
平沢唯の喉はやはり完治せず、澪が歌う事となった。
朝、正門に着くと、平沢唯はクラスの出し物である
ヌイグルミ展覧会で必要なヌイグルミを家に忘れた事に気付き
家に戻る。

学園祭が始まり一般入場が開始され、主人公は
夏休みに出会った、海の家れもんの面々と再会する。
主人公はクラス責任者の特権でイカ娘を招待して、
涼宮ハルヒと接触させ、この世界を触手天国にすると言う
密かな野望があったのだ。

音楽室にて軽音部二年生、enozのボーカル榎本が
扁桃炎で突然入院してしまった事を知る。
一年は代理を立てる事も出来ず、結局、
三年の中西がボーカルを代行する事となった。

その後、校内で岡部倫太郎や以前、へこたん（パン）を奪った
インデックスと再開する。

そんな賑わう校内で、主人公は中西と共に練習に向かう最中、
中西は転びそうになった子供を庇い階段から転落してしまう。